Il territorio provinciale offre un patrimonio ambientale molto variegato, tra cui laghi di piccole dimensioni molto caratteristici, disseminati qua e là tra le valli e affiancati da percorsi stradali alternativi meritevoli di interesse.

Il Lago Delio
Uno specchio lacustre naturale in provincia di Varese nel comune di Maccagno con Pino e Veddasca al confine con il comune di Tronzano Lago Maggiore. L'origine del lago è di escavazione glaciale, tuttavia l'intervento umano con la successiva costruzione di due dighe di contenimento ha cambiato di molto l'aspetto originario del lago. Il lago si trova equidistante (10 km circa) tra Maccagno e il confine italo-svizzero. È raggiungibile da Maccagno tramite la strada provinciale 5.

Lago di Brinzio
Un piccolo specchio d'acqua che come un gioiello è incastonato nel verde dei prati del Campo dei Fiori.Il Lago di Brinzio è situato nel territorio dell'omonimo comune. E' un piccolo specchio d'acqua di grande fascino, soprattutto nella stagione invernale, quando si presenta completamente ghiacciato e spesso innevato, ed è alimentato in particolare dal torrente Intrino. La vegetazione che fa da contorno ha le caratteristiche comuni ai piccoli bacini lacustri di media montagna: canneti, lamineti e cladieti si intervallano a boschi di Alnus glutinosa, meglio noti come ontani neri.
Il Lago di Brinzio offre la possibilità di praticare la pesca sportiva: oltre alla licenza di pesca con relativi versamenti, occorre iscriversi alla locale Associazione Pescatori dilettanti di Brinzio, con sede in Via Sasselli; all'atto dell'iscrizione verrà rilasciata una tessera di socio che darà la possibilità di accedere alla pesca nel lago secondo il regolamento in vigore.

Lago di Ganna
Uno piccolo bacino lacustre dall'alto valore naturalistico. Il Lago di Ganna è di proprietà della Provincia di Varese. Qui la pesca è vietata, poichè il lago è riserva naturale: questo specchio d'acqua è infatti posto in una splendida zona boscosa, a circa 400 metri d'altudine, ed offre dal punto di vista naturalistico motivi di notevole interesse per la sopravvivenza di animaletti e piante che si erano sviluppati durante l'epoca glaciale e che oggi costituiscono delle specie rare, conservatesi grazie alle particolari condizioni ambientali della valle. Un'escursione consigliabile nei dintorni è rappresentata da una passeggiata al monte Poncione di Ganna. Salendo alla località Mondonico, è possibile apprezzare un'ineguagliabile vista sul Lago di Ganna, sul vicino lago di Ghirla e su tutta la valle.

Il lago di Ghirla
È un piccolo bacino situato nella parte nord della Valganna. Il suo principale affluente è costituito dal Torrente Margorabbia, che raccoglie, tra l'altro le acque in uscita dal Lago di Ganna. Tra i più pittoreschi bacini lacustri, attrezzato con un centro balneare, un campeggio per weekend e vacanze ed un maneggio per escursioni a cavallo, offre a chi attraversa la Valganna al calar del sole una meraviglia della natura, con riflessi cristallini sulle tranquille acque, delle montagne che si elevano quasi a picco sul versante occidentale.